Les réserves sont délimitées en mer au moyen de bouées de balisage de couleur jaune surmontées d’une croix de Saint-André (marque spéciale) et d’un éclairage assurant leur repérage la nuit. Des panneaux sont positionnés à terre à tous les accès au littoral des réserves. Une surveillance est assurée toute l’année.

Au sein de ces deux réserves, la pêche sous toutes ses formes et la collecte d’organismes vivants sont interdites. D’autres activités comme la plongée en scaphandre autonome, le mouillage des navires et le dragage y sont également interdits.
Sur le site de la Côte Bleue, ces deux réserves assurent une protection intégrale de près

de 8 % des petits fonds compris entre 0 et -30 m de profondeur, qui sont les plus productifs, qui contiennent les habitats les plus sensibles (herbier de Posidonie) et où se concentrent la majeure partie des activités humaines.

Les objectifs de ces réserves sont :
• augmenter la productivité du milieu marin par la protection de zones favorables au frai et à la concentration des espèces marines;
• reconstituer des biotopes naturels en équilibre avec leur faune et leur flore associées;
• mettre en place des expériences innovantes, contribuant à la connaissance, à la protection et à la gestion du milieu marin méditerranéen.

La zone marine protégée devant Carry-le-Rouet a été créée en décembre 1982. Il s’agit d’une aire de 85 ha qui borde le littoral entre le port de Carry et l’anse du Rouet, et qui s’étend jusqu’à 1 km au large, au voisinage de la limite profonde des herbiers de posidonie, à 30 m de profondeur. Les fonds rocheux sont présents en bordure littorale et se prolongent au large sous forme de dalles et de blocs émergent de l’herbier, les plus importants se situant entre 10 et 15 mètres de profondeur.

La zone est délimitée par 6 bouées permanentes et 2 espars marquant les limites à terre.

Suite à l’évolution du milieu liée à la gestion et à la protection de la réserve de Carry-le-Rouet, les représentants des pêcheurs professionnels de Martigues ont souhaité la réalisation d’un projet d’aménagement des fonds devant le secteur du Cap-Couronne. Ce projet a pris forme en 1996, avec la création de l’une des plus grandes zones marines intégralement protégées de Méditerranée à l’époque (210 ha).

Cette zone commence à environ 50 mètres du littoral, entre le Cap-Couronne et la Pointe Noire. Elle s’étend au large à environ 1 mille jusqu’à des fonds de 50 mètres.

Les fonds se composent de sable, roches coralligènes, et herbier de posidonies.

La réserve est délimitée par 7 bouées permanentes.

La France compte 1776 sites Natura 2000 sur ses 4 zones biogéographiques, soit 12,9% du territoire national et 34% de la surface marine de la zone économique exclusive (ZEE). L’élargissement du réseau « Natura 2000 en mer » a abouti en 2008 à la désignation de 59 nouveaux sites Natura 2000 entièrement marins (dont la Côte Bleue), sur un total en France de 206 sites avec une partie maritime qui occupent 41 461 km² en mer.
Depuis 2009, le Parc Marin est désigné par l’État Opérateur puis Animateur du site Natura 2000 « Côte Bleue Marine » (FR9301999). Exclusivement marin, le site s’étend sur près de 19 000 ha et englobe l’ensemble du littoral de la Côte Bleue jusqu’à 6 milles au large et 100 m de profondeur. C’est une Zone Spéciale de Conservation (ZSC) désignée en 2015 au titre de la Directive « Habitats ».
Situé entre la Rade de Marseille à l’Est (pointe de Corbières) et le Golfe de Fos à l’Ouest (anse des Laurons), il inclut l’ensemble de la concession du Parc Marin de la Côte Bleue (9 873 ha jusqu’à 2 milles nautiques), dont les deux zones marines protégées du Cap-Couronne (210 ha) et de Carry-le-Rouet (85 ha).
Lors de l’élaboration du “Document d’Objectifs” (DOCOB), les ateliers de concertation avec les usagers ont débuté en septembre 2010 et se sont terminées en avril 2013. 150 professionnels ou structures associées à la mer ont été invités à ces ateliers et 177 personnes ont répondu présent lors de ces différentes réunions de concertation, soit un total de 76 structures ou professionnels représentés qui ont tous contribué à cette dynamique participative.

Le littoral est essentiellement rocheux et la Côte Bleue marque la limite des côtes rocheuses de la Provence avant le littoral bas et sédimentaire du Golfe du Lion qui s’étend jusqu’à la frontière espagnole. Le relief est marqué par de nombreuses falaises et les pentes s’adoucissent de l’Est vers l’Ouest, et en se rapprochant du littoral.

La Côte Bleue est occupée depuis la préhistoire par les hommes. De nombreux vestiges datant des différentes époques de civilisation (néolithique, âge du bronze, du fer, périodes romaine et médiévale) témoignent de la richesse archéologique, historique et patrimoniale de ce territoire, longtemps isolé par son relief de la grande métropole voisine. Bien que située entre plusieurs complexes industrialo-portuaires (Marseille, Fos sur Mer et étang de Berre), la Côte Bleue est restée à l’écart de l’industrialisation. Le désenclavement est arrivé avec la ligne de chemin de fer Marseille-Miramas au début du XXième siècle, et la voie routière qui a accéléré l’urbanisation à partir des années 1970.

Un milieu marin riche et varié

La topographie sous-marine suit le relief terrestre et présente une grande variété d’aspects et de paysages : plages de sable, éboulis rocheux, tombants, failles, secs, remontées rocheuses, îlots et grottes. Au niveau hydrologique, il s’agit d’une zone de transition entre les masses d’eaux du golfe du Lion, sous l’influence du Rhône, et celles véhiculées par le courant Liguro-provençal, orienté d’Est en Ouest. Ces masses d’eaux sont soumises à des phénomènes d’upwelling lors des périodes de mistral (remontées d’eaux froides profondes), pouvant occasionner une chute de la température des eaux infralittorales de 10°C en l’espace de quelques heures.

Du fait de cette situation géographique et écologique particulière, les fonds marins sont très riches et toutes les biocénoses de la Méditerranée Nord-occidentale y sont représentées : des petits fonds rocheux peuplés d’algues et servant de refuge à une faune invertébrée et vertébrée très riche, quelques grottes sous-marines, des fonds sédimentaires variés, un herbier de Posidonie remarquable occupant 1 049 hectares, et des peuplements coralligènes très développés.

La Côte Bleue montre une biodiversité marine très riche et plus de 246 espèces de poissons ont été recensées, appartenant à 92 familles. Une grande partie des espèces inventoriées présentent un intérêt commercial pour la pêche. On dénombre sur la Côte Bleue une soixantaine d’espèces marines à statut, protégées ou menacées dont l’exploitation est réglementée.

Sites terrestres classés

Le massif de la Nerthe a fait l’objet d’un classement par décret du 20 juin 2013 au titre des sites classés de la loi du 2 mai 1930. Il occupe un périmètre de 5 000 ha devant 14 km du littoral de la Côte Bleue, entre l’anse du Rouet (Carry le Rouet) et l’Estaque (Marseille). Le site s’étend jusqu’à 500 mètres en mer, correspondant à 510 ha sur le Domaine Public Maritime.

Deux sites Natura 2000 terrestres sont présents : la zone spéciale de conservation « Côte Bleue – Chaîne de l’Estaque » au titre de la directive Habitats (site FR9301601 de 5 552 ha) ; la zone de protection spéciale « Les falaises de Niolon » au titre de la directive Oiseaux, du fait de la présence d’aigles de Bonelli (site FR9312017 de 144 ha).

La zone de Martigues-Bonnieu constitue un point chaud de la biodiversité, avec notamment les seules stations connues en France pour 3 espèces végétales protégées (Mérendère filiforme, Gagée de Mauritanie et Chicorée scabre) qui a fait l’objet d’un arrêté de protection de Biotope en 2018. La faune du massif de la Nerthe est assez remarquable au niveau des insectes, des amphibiens, des reptiles et des oiseaux, en particulier des espèces migratrices. Des zones humides (une roselière à Boumandariel et deux mares d’eau douce) témoignent également de la biodiversité de la Côte Bleue.